Sondagem de DNA, Sequenciamento de DNA... em uma placa não-orgânica

Estive pensando agora no começo de junho/2011 sobre o pareamento da fitas de DNA
e me veio a idéia que descrevo abaixo:
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Bem, eu não conheço qualquer técnica que realize o que imaginei. Talvez até exista. Mas não conheço.
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Imagine uma superfície plana em que fosse possível imprimir (induzir) dipolos + e -,
e
isto pudesse ser feito de forma controlada, com distâncias nanométricas entre os pontos.
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Agora imagine que se induzisse uma sequência que pareasse com uma sequência de DNA.
então
esta sequência na placa funcionaria como uma sonda para uma molécula de DNA.
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A sequencia desejada seria digitada e placa simularia a sequencia em diversas faixas, permitindo assim a leitura simultânea de várias amostras. O computador interpretaria o nível de pareamento.
Poderia ser realizado diversos tipos de análise, inclusive sondagem de sequencia, sequenciamento genético.

Não ficaria limitado à análise de DNA, mas de outras moléculas.
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03 de julho de 2011.

Andei pensando, depois de algumas críticas à idéia, que as dimensões são muito reduzidas, e isto pode tornar "impossível" o controle (e até mesmo) a formação intensional das cargas, ajustadas têmporo-espacialmente.

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Então eu pensei que poderia ser a superfície feita com diversas camadas perpendiculares, alternando material para indução de carga, isolador, e material para indução de carga, .... e assim sucessivamente.

Mesmo assim as distâncias seriam diminutas.

Então,

eu imagino que não se precise fazer a leitura simultaneamente de todas as cargas sequenciamente - uma a uma.

Pode-se realizar com distâncias de 3nm, ficaria mais fácil de construir a superfície e controlar as cargas.

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E realizando milhares de leituras e analisando as leituras com um software, decifrar a sequencia.

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Chip sequenciador decodifica DNA próton por próton

MATRILISINA - uma revisão da literatura

MATRILISINA

Flávio Furtado de Farias¹

Histórico

Na década de 1980, foi identificada e purificada uma pequena metaloproteinase no útero de ratas, e denominada metaloproteinase 7. Sugeriu-se que esta metaloproteinase correspondia a proteína Pump-1, purificada em 1990 a partir de uma linhagem de células de carcinoma retal, sendo denominada de matrina devido a sua capacidade de degradar matriz extracelular, o termo matriz metaloproteinase 7 também foi proposto. Foram relatadas atividades de degradação de componentes da matriz extracelular, inclusive colágena tipo IV, por ação de Pump. ^{(30, 32, 38, 61)}

Em 1992, o primeiro relato de metaloproteinase 7, constitutivamente e induzível, em células  humanas normais – fagócitos mononucleares em desenvolvimento – já denominando-a de matrilisina. No mesmo ano, a produção em células renais foi relatada, atuando sobre uroquinase, clivando sua porção ativa de ligação a receptores de uroquinase envolvida na ativação de plasminogênio em processos celulares. As células mesangiais glomerulares também produziam esta enzima, e sugeriram que poderia contribuir para a progressão de injúria durante a inflamação glomerular. A matrilisina é expressa também no endométrio, especialmente na fase proliferativa, na placenta, na córnea durante o reparo, e na junção neuromuscular, em vasos e ramificações nervosas de músculos estriados, enquanto na pele do adulto, está restrita a folículos pilosos e células secretórias. ^{(5, 16, 22, 25, 26, 40,41, 47, 56, 60)}

Matrilisina (MMP-7) e ortodontia

Mecanismo hipotético de derivação de osteoclastos por ação de MMP-7 no microambiente metástase de tumor mamário em osso.

A. células tumorais metastáticas, através de a secreção de fatores tais como peptídeos relacionados ao hormônio paratireóide (PTHrP) estimulam osteoblastos a expressarem RANKL.

B. osteoclastos expressam MMP-7 que atuando sobre RANKL tornam-nos solúveis e ativos.

C. RANKL solúveis são quimioatraentes para precursores de osteoclastos e podem estimular a sua maturação e ativação.

D. Osteoclastos ativados por sua vez executam a reabsorção óssea levando à liberação de fatores de crescimento, tais como TGF-B e IGFs que promovem a sobrevivência e o crescimento do tumor no microambiente ósseo.
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1.  Thiolloy S, Halpern J, Holt GE, Schwartz HS, Mundy GR, Matrisian LM, Lynch CC.

Osteoclast-derived matrix metalloproteinase-7, but not matrix metalloproteinase-9,

contributes to tumor-induced osteolysis. Cancer Res. 2009 Aug 15;69(16):6747-55.

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MINHA HIPÓTESE:

A liberação de MMP-7 por células do retículo epitelial radicular (RER) possui importante papel na remodelamento do osso alveolar durante os processo fisiológicos e terapêuticos periodontais, ortodônticos e ortopédicos.

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Para ler sobre retículo epitelial radicular (RER), KLIKAKI.